Сам гонял эту шкуковину, но проектов реальных не видел.
Единственно что порадовало - это сервер lineage на java поддерживает jython (скриптинг весь на нём)
также хорошо для тех, кто не силён в нюансах java, но знает python

есть ли ещё какие-то положительные стороны?

В основном jython для этих целей и написан. Хотя и сам питон создавался для скриптинга, а потом и вовсе стал применяться с GUI и тому подобным.

Для игр он нашел свое применение потому что разработка на jython существенно повышает продуктивность программиста. Хотя лицензия существенно уступает(на мой взгляд) по сравнению со своими аналогами такими как JPHP, JRuby(аж 3 лицензии включая LGPL) для написания проектов таких как lineage. Не знаю почему, может код Python более вразумителен нежели у других скриптовых языков потому и применяют jython. В скором времени если jython не поменяет свою лицензию и популярность ruby будет расти, то возможно мы увидим online игры написанные уже на jruby.

Говорят что защищиют исходники питон-программ используя jython. Но подробностей не знаю.

Мы достаточно активно используем его в работе (на Zope3).
например, в z3ext.lucene
Но как правило это тысячная доля процента всей работы :) однако ее хватает чтобы сделать серьезную оптимизацию там, где она нужна.