Форум сайта python.su
Привет!
Хотелось бы получить небольшую консультацию по проге, написанной и работающие из под Pyton окружения
Вот например- нужно по работе разобраться с этой прогой http://www.csb.pitt.edu/prody/index.html
хотелось бы просто в двух словах получить представление о принципе работы с такими приложениями, поскольку ранее с таким не сталкивался, а очень глубоко копать по всяким иностранным мануалам время не позволяет.
Вообщем, вроде все установил следуя инструкциям с сайта, теперь просто тривиальные вопросы-
все это должно работать именно из ком. строки Python? т.е запускаю Python.exe открываю мануал уже моей проги ищу нужные команды, вставляю их в ком строку и все ? или есть какие-то особенности ?
например я пробовал делать что-то по вышеописанному плану следуя манулу
http://www.csb.pitt.edu/ProDy/tutorial.html
и получал из самого питона -некоторые ошибки, ну например
Код
>>> prot = parsePDB('1p38')
Traceback (most recent call last):
File “<stdin>”, line 1, in <module>
NameError: name ‘parsePDB’ is not defined
из этого следует что он не знает что такое parsePDB.
может нужно при старте питона как-то запустить сначала нужную прогу а потом уже долбить команды ?
заранее спасибо за консультацию ))
Офлайн
Сначала from prody import * а затем уже всё остальное.
Офлайн
ага спасибо
теперь оно пишет что не хватает такого- то пакета
>>> from prody import *
Traceback (most recent call last):
File “<stdin>”, line 1, in <module>
File “C:\Python27\lib\site-packages\prody\__init__.py”, line 274, in <module>
raise ImportError('numpy not found, it is a required package')
ImportError: numpy not found, it is a required package
наскока я понял есть несколько способов устаноки нужных пакетов- либо напрямую скачать откуданить или через т.н пакетный менеджер easy_install
получается последний способ предназначен для прямого доступа к нужному пакету из репазитория ?
как узнать тогда список репазиториев и как искать нужные пакеты если знаешь только название пакета
easy_install -f http://адрес репазитория.ком numpy
так?
Отредактировано (Апрель 17, 2011 13:03:47)
Офлайн
попробуйте просто
easy_install numpy
Офлайн
А ещё лучше
pip install numpy
Отредактировано (Апрель 19, 2011 13:54:58)
Офлайн
обе не работают ))
In : easy_install numpy
————————————————————
File “<ipython console>”, line 1
easy_install numpy
^
SyntaxError: invalid syntax
In : pip install numpy
————————————————————
File “<ipython console>”, line 1
pip install numpy
^
SyntaxError: invalid syntax
Офлайн
из командой строки операционки, а не питона
Офлайн
подскажите плиз правильный синтаксис execfile
типа из проги нужно загружать заранее приготовленные скипты execfile('rho_xray_coors.pdb')
куда собственно кидать файл скрипта и как правильно указывать пути ?
например кидаю скрипт в C:\Python27\own\
пишу в питоне
In : execfile('C:\Python27\own\rhodopsin_pca.py')
—————————————————————————
IOError Traceback (most recent call last)
C:\Windows\system32\<ipython console> in <module>()
IOError: No such file or directory: ‘C:\\Python27\\own\rhodopsin_pca.py’
где ошибка ? )
Отредактировано (Апрель 20, 2011 20:54:38)
Офлайн
OwnГоворит что файла нет.
где ошибка ? )
Офлайн
'C:\\Python27\\own\rhodopsin_pca.py'
подумаете, почему перед rhodopsin_pca.py только один ‘\’
Офлайн