Различий между 3.x и 2.x довольно много. Если интересно, могу скинуть ссылку на доклад Гвидо Ван Россума и Co. (на английском), там они многое разбирают.
А так, смотря для чего тебе понадобился Python. Если для web-приложений с использованием Django, то используй пока 2.7, так как Django ещё не приспособили для 3.x. Для всего остального я бы использовал Python 3.
Вообще, дискуссия по этому поводу была
тут