Да, на Windows будут работать установленные вместе python 2-й и 3-й версии. Единственное, вам придется вручную указывать, с какой версией python вы желаете работать в данный момент.
Конкретный пример. Предположим, у нас python 2 установлен в папку «D:\python\2.7.2», а python 3 установлен в папку «D:\python\3.0». Нам нужно выбрать, с какой версией python мы желаем работать в данный момент. Для windows 7 это делается так: правый клик по «мой компьютер», затем «дополнительные параметры системы», в открывшемся окошке выбираем вкладку «дополнительно» и жмем на кнопку «Переменные среды…». Откроется новое окно, как на скриншоте снизу:

А этом окне, нужно найти переменную PATH (или вовсе создать её, если её там нет), и указать в ней путь к корневой папке нужной версии python.