при выполнении скрипта и взаимодействии с ОС по средствам os.system, как можно скрыть окно командной строки?

Используй лучше модуль subprocess. Он более гибкий и рекомендуется использовать именно его

funnymanЯ так понимаю речь о винде?
http://john16blog.blogspot.com/2010/10/python-subprocess.html
А именно:
Проблема решилась установкой параметра crateflags=8, что соответствует значению DETACHED_PROCESS.