Если я не набираю e-mail в поле логина полностью а вібираю его из автоподстановки в броузере, скрипт валидации видит только первые два символа, которые я набрал руками.

А что за мифический скрипт валидации? Можно его лицезреть?

Можно autocomplete убрать из HTML.
Но так делать плохо с точки зрения удобства пользователя.
Проверяйте введенные данные в onblur, тогда у вас будет полностью введенный текст.