Нашел следующий код:
from PIL import Image img = Image.open('img.png') img = img.convert("RGBA") pixdata = img.load() for y in xrange(img.size[1]): for x in xrange(img.size[0]): if pixdata[x, y] == (255, 255, 255, 255): pixdata[x, y] = (255, 255, 255, 0) img.save("img2.png", "PNG")