Здравствуйте.

У меня стоит:
- Python 2.7
- py2exe-0.6.9.win32-py2.7

По мануалу делал: создал файл setup.py
Запустить упаковку командой setup.py py2exe

Но нигде не указано, где должны лежать исходники?

исходники ложите в созданную вами директорию и оттуда из ком строки вводите команду python setup.py py2exe
то есть запускаете командную строку, переходите в директорию с вашим проектом и только потом запускаете сборку командой

тут все просто

Спасибо, всё оказалось намного проще!