Python-сообщество

""" Алгоритм решения (версия 2): Идём по Тексту и рубим Куски длиной k. Формируем Хэш-Словарь.
    Ключ - это числовой(бинарный) эквивалент Куска. Величина - это список. 
    По индексу 0 там собственно строка-Кусок, по индексу 1 там список позиций
    вхождения Куска в Текст с допускаемыми d вариациями.
    
    Создаём список, содержащий под-списки. По индексу 0 в под-списке строка. Под-списков
    столько, что они охватывают по одному экземпляру все возможные варианты строк длиной k.
    По индексу 1 в под-списке будет под-под-список позиций.
    
    Затем обрабатывается уже этот словарь - ищется самый длинный список-Величина,
    или списки с равным максимальным количеством вхождений. Выводим на печать
    строки по индексу 0 в этих списках - это и будет ответ.
"""
TEXT_STRING = "ACGTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCT"
""" Геномный Текст для поиска.  """
TEXT_STRING_LENGTH = len(TEXT_STRING)
""" Длина Текста.  """
PATTERN_STRING_LENGTH = 4
""" Длина Образца, то есть k-размерность.  """
VALUE_OF_VARIABILITY = 1
""" Допустимое значение Изменчивости при поиске.   """
primary_hash_dictionary = {}
""" Наш Хэш-Словарь """
exit_list = []
""" Список для выходных данных  """
# all_variants_k_mer_list = []
four_digit = []
def main_function_for_k_mer_text_and_mismatch(some_text):
    global primary_hash_dictionary, help_list_for_primary_hash_dictionary_processing
    for i in range(0, (TEXT_STRING_LENGTH - PATTERN_STRING_LENGTH + 1)):
        pattern_some = some_text[i : PATTERN_STRING_LENGTH + i]
        converted_some = ""
        key_some = 0
        for f in range(PATTERN_STRING_LENGTH):
            if pattern_some[f] == "A":
                converted_some += "00"
            elif pattern_some[f] == "C":
                converted_some += "01"
            elif pattern_some[f] == "G":
                converted_some += "10"
            elif pattern_some[f] == "T":
                converted_some += "11"
        """ Преобразовываем строку текущего Куска в "бинарный" Ключ Хэш-Словаря. """
        converted_some = "0b" + converted_some
        key_some = int(converted_some, 2)
        """ Если в словаре уже есть такой Ключ, то только добавляем новое значение
        позиции в список позиций. Если такого Ключа нет, то делаем первичное
        заполнение Хэш-Словаря. """
        if primary_hash_dictionary.has_key(key_some):
            temp_list_1 = primary_hash_dictionary[key_some]
            temp_list_2 = temp_list_1[1]
            temp_list_2.append(i)
            temp_list_1[1] = temp_list_2
            primary_hash_dictionary[key_some] = temp_list_1
        else:
            primary_hash_dictionary[key_some] = [pattern_some, [i]]
""" Теперь создаём список all_variants_k_mer_list с под-списками (а в них 
    под-под-списки).  Так как алфавит генома всего 4 символа, то мы
    создаём список four_digit содержащий в соответствующей позиции
    степень четвёрки. Потом каждое генерируемое число total_index
    мы разлагаем на степени 4 по модулю и в каждый разряд записываем
    соответственно символы A - там где 0, C - там где разряд при
    делении показал 1, G - 2, и T - 3. """
    
def all_variants_k_mer_list_function_creating_and_now_processing():
    # global all_variants_k_mer_list
    global four_digit
    global primary_hash_dictionary, exit_list
    max_number_of_position = 1
    for digit_fours in range(PATTERN_STRING_LENGTH):
        four_digit.append(4 ** digit_fours)
    # print four_digit
    for total_index in range(PATTERN_STRING_LENGTH ** 4):
        some_string = ""
        for digit_in_string in range(PATTERN_STRING_LENGTH - 1, -1, -1):
            quasi_digit = total_index // (four_digit[digit_in_string])
            total_index = total_index % (four_digit[digit_in_string])
            if quasi_digit == 0:
                digit_symbol = "A"
                some_string = some_string + digit_symbol
            elif quasi_digit == 1:
                digit_symbol = "C"
                some_string = some_string + digit_symbol
            elif quasi_digit == 2:
                digit_symbol = "G"
                some_string = some_string + digit_symbol
            elif quasi_digit == 3:
                digit_symbol = "T"
                some_string = some_string + digit_symbol
        temp_list_1 = []
        # print some_string
        for key in primary_hash_dictionary:
            temp_list_2 = primary_hash_dictionary[key]
            pattern_some = temp_list_2[0]
            position_list_2 = temp_list_2[1]
            # print "pattern_some = ", pattern_some, "", position_list_2
            index_of_pattern_some = 0
            for m in range(PATTERN_STRING_LENGTH):
                if some_string[m] != pattern_some[m]:
                    index_of_pattern_some += 1
                    if index_of_pattern_some == (VALUE_OF_VARIABILITY + 1):
                        break
            if index_of_pattern_some <= VALUE_OF_VARIABILITY:
                temp_list_1 = temp_list_1 + position_list_2
        # print temp_list_1
        # print ""
        if len(temp_list_1) == max_number_of_position:
            exit_list.append(some_string)
        elif len(temp_list_1) > max_number_of_position:
            max_number_of_position = len(temp_list_1)
            exit_list = [some_string]
        # all_variants_k_mer_list.append([some_string, temp_list_1])
    print ""
    print " ".join(exit_list)
    print max_number_of_position
    
main_function_for_k_mer_text_and_mismatch(TEXT_STRING)
all_variants_k_mer_list_function_creating_and_now_processing()

some_string = ""
        for digit_in_string in range(PATTERN_STRING_LENGTH - 1, -1, -1):
            quasi_digit = total_index // (four_digit[digit_in_string])
            total_index = total_index % (four_digit[digit_in_string])
            if quasi_digit == 0:
                digit_symbol = "A"
                some_string =  digit_symbol + some_string
            elif quasi_digit == 1:
                digit_symbol = "C"
                some_string = digit_symbol + some_string
            elif quasi_digit == 2:
                digit_symbol = "G"
                some_string = digit_symbol + some_string
            elif quasi_digit == 3:
                digit_symbol = "T"
                some_string = digit_symbol + some_string

for total_index in range(PATTERN_STRING_LENGTH ** 4):

for total_index in range(4 ** PATTERN_STRING_LENGTH):

In [19]: from itertools import product
In [20]: for c in product('ACGT',repeat=2):
    ...:     print(''.join(c))
    ...:     
AA
AC
AG
AT
CA
CC
CG
CT
GA
GC
GG
GT
TA
TC
TG
TT

In [20]:

product('ACGT',repeat=2)

>>>

from itertools import product
for c in product('ACGT',repeat=12):
    print(''.join(c))

from itertools import product
for c in product('ACGT',repeat=12):
    var = ''.join(c)