Нашел инструкцию, как защитить исходник *.py
1. Качаем исходники с python.org.
2. Ищем файл Includes/opcode.h
3. Меняем значения констант на свои
4. Делаем свою сборку Питона
5. Компилим с помощью нее исходники и распространяем их со своей виртуальной машиной.
6. ???
7. PROFIT!!!
Может кто пояснить как из исходников сделать свою сборку Питона?