Kodriderme
Можно накасячить и одной функцией поставить под удар сервер/приложение/CMS. Можно Питоном его заменить?
Абсолютной безопасности не существует.
Какова вероятность что, например, завтра Вам на голову не упадет кирпич?

Под удар Вы можете поставить и приложение на питоне. Хотя это больше вопрос адекватного разграничения прав на сервере (это же касается и PHP).
Kodriderme
Может что устарело? Или неэффективно? Речь идет о собственном крафте (без использования фреймворков).
Устарел и неэффективен как раз-таки “собственный крафт”. Отрасль отчаянно нуждается в стандартах, каковые есть, например, в Java.
Если каждый будет продолжать писать свой велосипед, в котором нет и не будет ничего принципиально нового и полезного, то все участники этой отрасли так и будут топтаться на месте.
Возьмите лучше что-то уже готовое и поддержите проект/фреймворк своими идеями/кодом/багфиксами.
В Питоне, как и в PHP есть некоторое количество хороших фреймворков (хоть в PHP их больше).
Из самых простых и удобных я бы посоветовал web.py - в нем есть только самый минимум, который Вам может понадобиться.
Kodriderme
И еще вопрос, а с MySQL Питон вроде как умеет работать? Скажем, записывать в БД регистрационные данные пользователей
Надеюсь понятно о чем я
Питон - язык общего назначения, поэтому здесь много чего есть

в том числе и поддержка MySQL через стороннюю библиотеку MySQLdb.
Kodriderme
И еще. Хоть каким-то местом Питон можно заменить JavaScript?
Из текста вопроса не совсем понятно что на что Вы хотите заменить.
Если хотите заменить JavaScript'ом Питон, то Вам ничего не остается кроме как смотреть на NodeJS, т.к. серверных решений на JavaScript, пока еще, вроде бы не было кроме этого.
Если же хотите заменить Питоном JavaScript, то есть парочка проектов-трансляторов кода с Питона в JS, например
pyjamas, или
PythonJS. Но проще взять CoffeeScript. С ним Вы получите ruby-подобный синтаксис, но писать на нем гораздо удобнее, чем на обыном JavaScript.
Конечно напомню, что о полной замене JavaScript здесь речи не идет, т.к. всё равно весь код будет транслироваться в JS и подключаться к HTML-странице.
В целом же на Python писать гораздо удобнее и приятнее, чем на PHP, как минимум из-за того, что Python не писался “на коленке”. Но в PHP на сегодняшний день гораздо больше интересных технологий/фреймворков для написания веб-приложений.