Ну начнем с того, что полноценной компиляцией здесь и не пахнет

Питон - интерпретируемый язык и этим все сказано. Поэтом там просто происходит упаковка ядра питона и нужного Вам кода в одни архив, который ведет себя как exe файл. Ни о какой защите или, тем более, блокировки от “напортачить” никакого разговора быть не может. Теперь конкретно по-вопросу. Философия у python немного другая. Если пользователь “напортачит” - это его личные половые трудности. Это и есть идеология открытого кода. Вы пишите интерфейсы, описываете примеры работы с Вашим решением и формируете систему его тестов. Все. С Вас взятки гладки

Пользователь на свой страх и риск может его переписывать, усовершенствовать и поддерживать.
P.S. Немного сузил объем работ для понимания.