Есть устройство, построенное на Arduino. Этому устройству нужно подавать команды с помощью Raspberry. Я решил эти команды записать в bin-файлы. Как должны выглядеть эти файлы, чтобы Arduino их адекватно воспринял?
Вот для примера перехваченные команды с com-порта:
09:18:52.924 : start
09:18:52.924 : SD Start
09:18:52.924 : Card type: SDHC
09:18:52.924 : Volume type is FAT32
09:18:52.924 : Volume size (Mbytes): 3760
09:18:52.924 : Soft PWM Init
09:18:52.940 : Planner Init
09:18:52.940 : Stepper Timer init
09:18:52.940 : Free Ram: 4643
09:18:52.940 : Plan Buffer Size:1152 / 16

что такое *bin файлы? Это бинарные? Почему вы так акцентируете внимание на этом?
Т.е. у вас есть микропк который является управляющим устройством, который посылает команды через COM порты (rs-232 интерфейс) исполняющему устройству Arduino. Все так ?

есть модуль PySerial, с его помощью можно посылать информацию по ком порту.

http://playground.arduino.cc/Interfacing/Python