Как в например, в http://python-gtk-3-tutorial.readthedocs.org/en/latest/layout.html#boxes
По клику удалить содержимое Gtk.Box и потом создать новое.

Я пишу программу которая выводит список IP (label) и чекбоксы возле них и мне нужно при нажатии кнопки RELOAD загрузить новую конфигурацию и обновить список на экране.

Как вариант, нужно получить список дочерних виджетов, затем пройти по этому списку и каждый удалить.

Например:

children = self.box.get_children()
for child in children:
    child.destroy()

Ну а дальше как обычно заполняем новыми виджетами.

Спасибо

А если у нас Notebook на одной из вкладок есть: Label + Box

Я удалил старый контент из BOX и добавил новый, но он не появляется.
Нужны какие-то дополнительные действия?

Наверное метод Show(), например добавили label, а после этого нужно его показать:

label.Show()