Требуется запустить в скрипте diff для двух файлов и проанализировать вывод программы (т.е. различия между файлами). Как это лучше сделать?
Как запускать программу? Как получать её вывод и в чём его хранить?

Смотрите на модуль subprocess.

Благодарю за помощь, хотя в моём случае всё-таки больше подходит .stdout.readline()

см сюда