Насколько я знаю, чтобы собрать единый файл со сжатием без консоли и с иконкой через пайинсталлер, надо:
Makespec.py -F -w -X --icon=C:\icon\icon.ico C:\project\project.py
Build.py C:\pyinstaller\project\project.spec
Makespec.py -F -w -X --icon=C:\icon\icon.ico C:\project\project.py
Build.py C:\pyinstaller\project\project.spec