посмотрел исходный mkv - там аудиодорожка закодирована кодеком Vorbis, найти linux с установленным mencoder-ом не смог, а тот что был откомпилирован под win работал как-то криво, потому вариант для linux и из командной строки предложить не смогу.
вариант для win такой:
беру Xilisoft Video Converter Ultimate (в рутреккере есть)
открываю в нем MKV файл, в профиле выбираю AC3 и нажимаю кнопку кодировать (этот профиль кодирует из mkv только звук - в итоге получается звук дорожка ac3) занимает менее 30 сек.
в пакете
mkvtoolnix запускаю mmg (mkvmerge GUI) туда кидаю полученную дорожку ac3 а напротив старой (Vorbis) убираю чекбокс и нажимаю кнопку обработать, 1 сек и файл собран.
попробовал залить в ютюб -
http://www.youtube.com/watch?v=y8fd0onJlwI вроде без задержек (видео удалю) также все нормально если аудио пожать в mp3