reclosedev, спасибо за помощь, как раз галочка почему то не стояла
Поставил галочку, нажал Ctrl+колесико вверх, масштаб стал побольше, и теперь вроде как 12 шрифт похож на 12 шрифт
Но это как я понял масштабирование шрифта, в одном файле, а в других файлах он все равно мелкий, видимо причина в чем то еще. Ну в принципе локально менять размер шрифта в каждом файле смысла нету, поэтому все равно придется оставить в глобальных настройках либо 14, либо 16 размер шрифта.
А еще у меня была такая мысль, может это из-за того, что PyCharm на java написан, может в самой java какое то несоответствие размеров шрифтов идет.