Возник вопрос, как лучше передавать данные внутри сайта. На текущий момент для “серверной” части используется фласк, на самомих страницах есть немного JS + Jquery скажите пожалуйста, как лучше обмениваться данными между разными языками? Мне что-то умнее чем через json ничего не приходит в голову.

Так и не должно приходить. Only json. Пока альтернативы нет

Если сайт публичный, то

Only json

Если корпоративный портал, я бы еще рассмотрел Protocol Buffers.
Если еще есть сопряжение с несколькими системами, выдающими данные в разных форматах, то http://code.google.com/p/protostuff/

Да нет, проект больше для себя + пользователей.

сейчас http://msgpack.org/ модно