Я делаю магазин электронных товаров. Товары такого же типа как и лицензионные ключи к программам. То есть они могут быть куплены только один раз. Я создал отдельный Вью “Мои товары” и вопрос в следующем. Как лучше хранить такого рода информацию в джанго. Как лучше сделать, создать поле `user` типа ForeignKey в модели Product или каким-то образом сепарировать эту информацию в отдельную модель?

Отдельная модель, наследованная от абстрактной модели товар + к этой модели подвязана другая модель с конкретными ключами.
При продаже товара типа ПО заполнять в таблице заказов это поле.

Дополнительные сложности могут быть при наличии ограниченного количетва ключей или если ключи могут продаваться несколько раз или должны запрашиваться при продаже.

Посмотрите и разберитесь со http://www.satchmoproject.com/ - будет больше понимания и вы будете стоить больше.