Поясню. Чаще всего бывает, что модели нужны еще и для другого приложения, которое не является фласком. Торнадо там или RQ. Или просто разработчиков раздражает взаимный импорт.
По Вашему вопросу все равно есть 2 возможности.
1. Все же подключить flask-alchemy.
В этом случае нужно немного костыльнуть. В before_request получать session из flask-alchemy и использовать его дальше явно. А в моделях прописать импорт Base из стороннего модуля. В этом случае при создании конфигурации (инстанса Вашего app) можно импортировать модуль с Base и подменять в нем Base - base'ом из flask-alchemy. При этом модели можно вообще не менять. И внутри все будет вести себя как надо.
2. Более сурово, но есть ньюансы. В этом случае в админку передается сессия и можно просто подключать модели.
Прямо ссылка…P.S. Если еще нужно для flask-debugtoolbar, то там вообще костыль на 1 строку. Напишите, если будет нужно, кину кусок кода.