произошел сбой и данные файла baza.dir перестал соответствовать baza.dat
есть ли какой-то способ переиндексации ?
и как осуществить его программно ?

Нету. Хранилище shelve очень не надёжно. Я его когда-то для кеша использовал, но потом заменил самописным модулем как раз из-за частых сбоев с полной потерей данных.