sent
Я так понимаю гдето прописываются пути по умолчанию для запускаемых питон программ.
У тебя должна быть конфигурация у самой программы. В этой конфигурации должно быть записано, где брать файлы. А чтобы составить конфигурацию, нужно, чтобы установщик при установке определил, где и что в системе, и по этой информации записал конфигурацию. Так у тебя программа после установки будет всё правильно находить.
Это и есть обслуживание проекта. Ты пишешь не только программу, но и установщик для неё, который тоже может быть довольно сложным.
sent
Поставил ее в кронтаб, и теперь вобще не пойму куда ей положить эти файлы
Программа при запуске должна сама понимать, где у неё файлы (по своей конфигурации). Опираться в таком случае на систему можно, но при смене системы и запуске программы в другой системе всё это сломается. Поэтому должен быть установщик, который в одной системе положит всё в одно место, в другой - в другое, а программе настроит конфигурацию так, что программа будет потом по ней находить все свои файлы.
sent
Как ей указать требуемые пути?
Если как временный вариант
* * * * * (cd полный_путь_к_директории_программы && python3 программа)
Это переход в каталог программы, запуск программы в нём и возвращение в прежний каталог после завершения программы. Это можно не только в crontab вставлять, но и в обычные скрипты. Круглые скобки обязательны, когда в обычных скриптах выполняешь такое, иначе перейдёшь в каталог и останешься в нём и следующие команды станут в нём выполняться.