Чем вы парсите данные? Есть ли сложности с авто.ру, авито, 2гис в плане защиты от парсинга?

Парсинг не включает в себя добывание данных. Парсинг - это разбор данных, которые уже есть в наличии.
wiki. парсинг

Есть скрапинг - это добыча данных.
wiki. скрапинг

oDoDo
Есть ли сложности с авто.ру, авито, 2гис в плане защиты от парсинга?

От скрапинга везде может быть защита. И чтобы её обходить, каждый раз надо проводить анализ этой системы защиты.