DjangoBB LoFi version

Полная версия: Chimera, AutoDock, молекулярный докинг

Начало » Python для новичков » Chimera, AutoDock, молекулярный докинг

denismih

Фев. 21, 2022 05:20:35

Всем доброго времени суток.
Извините, если вопрос не совсем по теме.
Предлагаю администраторам создать отдельную ветку примерно с таким названием:
Python в естественных науках.
или
Python в химии и биологии.
И если добро даёте, то открываю ветку следующим вопросом.
——————
Для расчёта оптимальных положений докинга малых молекул (лигандов) к большим молекулам (в частности, к белкам) существует бесплатный пакет UCSF Chimera (в народе - просто Химера).
Собственно докинг выполняет встроенный модуль AutoDock Vina, написанный на питоне.
Раньше AutoDock Vina существовал как открытый веб-сервис, а сейчас он интегрирован в химеру и устанавливается автоматически вместе с ней (локально).
При попытке дочить лиганд к рецептору программа возвращает ошибку:

UserError: "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/" is not an executable
Service 'local:/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/' is unavailable.

Все файлы по указанному пути исполняемые, проверено (chmode +rwx, ОС дебиан бустер).
Подозреваю, что проблема может быть в скриптах, находящихся в каталоге vina
Там только файлы <…>.py и <…>.pyc находятся, других нет.
Но я не программирую на Python'е.
Может быть, кто-то сталкивался?
Подскажите, куда копать и можно ли решить проблему малой кровью, не углубляясь в питон?

py.user.next

Фев. 21, 2022 08:28:56

denismih
Все файлы по указанному пути исполняемые, проверено (chmode +rwx, ОС дебиан бустер).

Обычно такие симптомы означают, что ты неправильно установил пакет. Удали всё по максимуму, прочитай официальную документацию к пакету по его установке, выполни все инструкции точно по его установке. А если ты из исходников собирал прямо, то ты пакет поищи, пока не поздно. Сборка из исходников чего-либо - это прошлый век.

denismih
Предлагаю администраторам создать отдельную ветку примерно с таким названием:
Python в естественных науках.

И там будет две темы: одна - твоя вот эта; вторая - тема девушки фортранши. Для раздела маловато.

denismih

Фев. 21, 2022 22:16:35

Устанавливал не из сырцов, есть бинарник, всё оч. просто и ошибиться там как бы негде.
Но вот в логах отыскал такой абзац:

  File "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/WebServices/appWebService.py", line 48, in _initApp
    self.backend = Backend(service, url)
  File "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/WebServices/opal_local.py", line 59, in __init__
    % self.exePath)
UserError: "" is not an executable
Service 'local:' is unavailable.

Как будто он всё равно в сеть ломится и не находит прежний веб-сервис.
ИМХО, может, закомментировать строки 48 и 59 или как-то подправить?
Уважаемый py.user.next, если ты хорошо в теме и если будет время, глянь пжл приложенные скрипты.
Ну оч-чень хочется починить!
Заранее спасибо.

py.user.next

Фев. 22, 2022 03:50:19

denismih
Устанавливал не из сырцов, есть бинарник, всё оч. просто и ошибиться там как бы негде.

Вот я загрузил, поставил, всё работает.
https://imageup.ru/img78/3885824/himera_test.jpg.html

Так что лучше удали её, поставь её снова. Выбери свежайшую версию. Если работать будет, но частично, то это может быть баг.

Такого рода ошибки выглядят странно

denismih

UserError: "/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/" is not an executable
Service 'local:/opt/UCSF/Chimera64-1.16/share/vina/' is unavailable.

Это очень похоже на непредусмотренные действия программы, которые бывают тогда, когда пользователь неправильно её установил, а не когда там какой-то веб-сервис перестал работать. Когда какой-то веб-сервис перестанет работать, программа тебе так и напишет “такой-то веб-сервис недоступен”.

Поэтому займись переустановкой. По крайней мере, когда я ставил, она установилась правильно в пользовательскую директорию, а не вылезла за пределы пользователя в /opt.

denismih
ИМХО, может, закомментировать строки 48 и 59 или как-то подправить?

Я не первый десяток лет в компьютерном мире и уже больше десяти лет в мире чистого программирования. Если бы надо было что-то закомментировать и это всё бы решило, я бы уже так и посоветовал тебе ещё в первом сообщении. А так я просто уверен, что это пустая трата времени на поиск того, что не нужно искать.

Если бы эта проблема была массовой, то разработчикам программы уже бы тысячи людей завалили почтовый ящик тревожными сообщениями о найденной проблеме. Они бы включили её список критических багов и опубликовали информацию о том, как продвигается процесс исправления этого бага. Если же ты введёшь этот баг в поисковую строку поисковой системы, то ты точно ничего не найдёшь.

Тут есть разговор
https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2022-January/thread.html#18323
Тут есть решение
https://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2022-January/018331.html

Но это всё делается не так. Сначала обновляешься до последней версии. Если баг продолжает проявляться, пишешь разработчикам. Они выкатывают патч и новую версию пропатченную. Дальше ты её ставишь и всё.

denismih

Фев. 22, 2022 14:09:39

Спасибо за исчерпывающий ответ!!!
Попробую.