Попробуй множество использовать для хранения. В нём всегда все элементы разные. И у него можно узнать количество элементов, взяв длину.
>>> s = set()
>>> for n in 1, 2, 3, 1, 2, 5:
... s.add(n)
...
>>> len(s)
4
>>> s
{1, 2, 3, 5}
>>>
Может не хватить памяти для большого количества чисел, но попробуй.