Написал простейший скрипт.

pyautogui установлен. Все работает. Но когда скомпилировал его с помощью pyinstaller с включенным флагом –windowed он выдает ошибку:

Traceback (most recent call last):
File “main.py”, line 1, in <module>
ModuleNotFoundError: No module named ‘pyautogui’

В чем может быть проблема? И,что интересно, при компиляции его в консольном варианте (без –windowed) он нормально работает. Как исправить?

1) pyinstaller не компилирует код
2) на твоей машине просто не установлен этот модуль или pyinstaller его не взял в расчет, используй вместо инсталлера cx_freeze

winkot
Написал простейший скрипт.

Вы можете использовать флаг –hidden-import для добавления модулей, которые не были автоматически включены в исполняемый файл. В вашем случае, вы должны добавить pyautogui в список скрытых модулей.
wordle