Зачитываю данные из АД (ФИО пользователя, департамент, кабинет и пр.) и пытаюсь поместить эти данные в БД на MYSQL. Таблица сделана с кодировкой utf-8. Если pyinstaller'ом собираю как консольное приложение, то в базу данные из АД пишутся нормально, если собираю как оконное приложение, то в базу пишутся коды символов строки. Как это побороть?

в базе кодировка utf-8 у винды cp1251
Вам нужно обработать виндовые кодировки encode() decode()