Как данный варнинг отключить? Очень мешает, а плохого в нем ничего нету(всего 10 либ подключается, каждая из которых 1-2 тянет, причем уникальных там штук 6)

Кажется, нужно было добавлять на проблемные строчки комментарии вида @ТипОшибки
Вроде как:
import common.lib.init_clr #@UnusedImport
from lxml import etree, objectify #@UnresolvedImport

А так, конечно, лучше такое не использовать. Или очень внимательно контролировать. Видел я очень странные и неожиданные баги…

import sys, os, threading, re, random, math, time #@UnusedImport
from HCommon.files import * #@UnusedImport

в первом случае помогло, во втором - нет.
Мистика

Нет, не мистика. Там другое предупреждение. Наводите мышь на значок с ошибкой, который слева на полях. Читаете текст. Тип сообщения (насколько я помню, то что до двоеточия) превращаете склеиванием в одну строку в CamelCase. Пишете это в комментарии с префиксом @

Unused in wild import: hex2dec, insert_every, list_split, load_config, load_file, load_list, load_matrix,
macro, macro_lock, macro_static, re, set_timeout, store, sys, temp_filename, time… others
suppressed

И? Комментарий #@UnusedInWildImport не помогает?

Вы чего? Зачем такое писать в коде (если конечно Pydev не используется как корпоративный стандарт)? Там в эклипсе есть настройки для такого рода поведения: Window -> Preferences => Pydev -> Editor -> Code Analysis.
Там можно выбрать соответствующее действие (ошибка, предупреждение, игнорирование) на каждый случай.

У нас использовали для того, чтобы можно было подавить вывод ошибок/предупреждений именно для каждого конкретного случая.
Вроде как программист говорит: я проверил и это нормально.
Иначе стоит отключать Code Analysis вообще.