Кто-нибудь сталкивался с ошибкой “Memory Error” в процессе обработки больших массивов с NumPy?
В моем случае имеется массив 5670 x 38340 элементов uint16. Эти данные подаю на функцию, которая осуществляет их обработку (бикубический сплайн). Если данных раза в 2 меньше то обработка проходит без проблем.

Полагаю копать нужно в направлении свопа памяти.

скока байт занимает один элемент?)

умножь на ~ 207.317 и получишь количество МЕГАбайт оперативы которое нужно под твою матрицу… И подумай есть ли они у тебя!

Zubchick
скока байт занимает один элемент?)

умножь на ~ 207.317 и получишь количество МЕГАбайт оперативы которое нужно под твою матрицу… И подумай есть ли они у тебя!

Получается ~414 Мбайт. По идее у меня 2 Гб на машине Ubuntu 9.
Непонятно почему не хватает тогда :/

XdenisX
Непонятно почему не хватает тогда hmm

Для NumPy теоретический лимит памяти для массива ~2Gb, но на практике такое не получиться из-за того, что:
1. У вас есть еще запущенные программы, которые тоже используют память, так что реально у вас ее меньше.
2. В связи с пунктом 1 наступает проблема фрагментации памяти, из-за которой весь массив не может поместится в 1 продолжительный участок, поэтому и наступает MemoryError.

regall

Понятно.
Есть ли выход из этой ситуации? Использование промежуточного файла или БД?

XdenisX
Есть ли выход из этой ситуации? Использование промежуточного файла или БД?

Из этой ситуации есть два выхода:
1. Использовать сжатые матрицы - http://docs.scipy.org/doc/scipy-0.7.x/reference/generated/scipy.sparse.csc_matrix.html.
2. Можифицировать свои алгоритмы так, чтобы они работали с подмассивами массивов, храня весь объем данных на жестком диске, а нужные для работы блоки загружать в память порциями.

Если есть возможность то можно использовать систему 64bit, я для этого Win-64 и держу например.
Ну и выгрузить/убрать из памяти все промежуточные массивы и все что не требуется в данный момент (а лучше создавать пустой массив в numpy и сразу его заполнять).
Также можно попробовать PyTables (для доступа к массиву на диске) и sparse matrix (если в матрице много повторов, например нолей) в Scipy.