Скажите будет ли работать админка в случае смены шаблонизатора? И можно ли сделать так чтобы шаблонизатор распространялся только на определенное приложение?

ну видимо если интерфейс 1 в 1 как у джанго шаблонов то можно. А чем продиктована смена? попахивает параноей - отпустите свои внутренние срахи)