Подскажите как наладить переносимость скриптов написанных в эклипс + пудев на виндос машине на линукс юникс, постоянная ругань на символ перевода строки, есть такая опция в эклипсе чтобы контрольные символы юниксовые использовал, потому как скрипты написанные в линуксе стартуют на винде без проблем.

Да, есть такая настройка, она есть и в глобальных настройках эклипса, и для каждого проекта можно свою установить в настройках проекта, но она начнёт действовать только на вновь созданные файлы, старые файлы наверное надо будет самому конвертнуть. Где найти эту настройку? В эклипсе есть поиск по настройкам (в верхнем левом углу окна настроек), поищите что-то наподобие line endings и установите Unix.