Задавал похожий вопрос на этом форуме. Долгое обсуждение для себя просуммировал так:
В структуре проекта - связи допускаются в одном направлении сверху вниз. (в текущей папке допустимы горизонтальные связи). Если есть общие части - то их выделяют, делают из них библиотеки и инсталлируют в питон вцелом. Если глобальное инсталирование нежелательно - используют pip для создания виртуальной среды исполнения.
Если это не нравится, то можно устанавливать python path перед импротом - это не очень сложно. (
http://docs.python.org/tutorial/modules.html раздел 6.1.2)
Или пользоваться относительным импортом. (6.4.2. Intra-package References) - Это посложнее.
Итог:
Для себя я так и не понял как выделить общие части, для использования в разных модулях данного приложения, хотя это конечно нужно. Сам добавляю их в глобалные библиотеки.