Да извлекается все. кроме моей программы запакованной. Я operу заархивировал и она отлично распаковалась а программа нет

Руками говоришь нормально распаковывается, и программа тоже?

Да.

В принципе архиватору все равно что паковать,так же и распаковка..
ОСь какая,версия питона?

символы в именах файлов внутри архива нормальные?