Использую версию 3.2. Хочу добавить модуль pymssql не понимаю как это сделать, там есть файл setup наверно он мне может помочь. Я его запускаю, окно моргает и все

Вот до чего windows доводит людей. “Окно моргает”.

По-моему, под третий питон нет pymssql.

1, 2, 3, 4.

аяяй, а что же делать, как тогда связать 3.2 и ms sql?

Единственный вариант - написать свой порт :)
Используйте другой драйвер или другую версию питона.