import threading
import time
global FLAG_STOP
FLAG_STOP = False
def thrInput():
while FLAG_STOP:
time.sleep(5)
print 'Обработка файла'
def print1():
a = 0
while not FLAG_STOP:
a = a + 1
time.sleep(1)
print a
t1 = threading.Thread(target = thrInput)
t1.start()
t2 = threading.Thread(target = print1)
t2.start()
if raw_input('<<<').lower() == "close":
FLAG_STOP = True
t2.join()
t1.join()
print 'выход'
Выглядит примерно так, но не красиво. Для того что бы на консоли было все хорошо надо применять библиотеку работы с консолью. На память только помню curses, если Linux.