Как вариант распространять приложение в виде pyc файлов, но вообще слышал, что них очень легко обратно получить исходники. Другой вариант это cython. Сам интересовался этой темой, нашёл только такие варианты.
В принцепи если правильно настроить защиту с помощью ОС и например использовать pyc, то этого будет вполне достаточно.

Странная проблема. В веб-страничке тоже всё открыто. Код, в том числе бинарный, обычно не содержит ничего даже отдалённо напоминающего ключи и тоже поддаётся взлому.

Shaman, для посетителя в веб-страничке открыт только фронтенд,по-моему, это всем понятно, нет?

В этом же сообщении хочу поблагодарить всех, кто участвовал в обсуждении - всем спасибо, каждое сообщение мне очень помогло! Если кто нагуглит эту тему, то скажу, что остановился на сервис-ориентированной архитектуре, то есть весь функционал положу на сервере, а пользователю на пк буду отдавать только файлы с интерфейсом и обращением к серверу через api.