как то так
import os
copyFolder = set(['111', '123', '233', '434', '232'])
dirs = ['/tmp/temp%s/dir'%x for x in xrange(1,5)]
name2path = {}
for path in dirs:
    for name in os.listdir(d):
        name2path[name] = path
for f in copyFolder & set(name2path):
    print "cp %s/%s /destFolder" % (name2path[f], f)

Ты считаешь, что лучше в начале исключить повторные папки, а потом сопоставлять его со списком папок которые требуется скопировать?
я именно так и мыслил