Не могу найти, как при установке пакета скомпилировать программу, написанную на с (не расширение, а отдельная программа, которой не нужны заголовочные файлы python) и положить ее в директорию bin.

Только руками. По образцу существующих создайте свою команду “build_externalcprogram” и поставьте её в зависимость команде “build”, кажется это “субкомандами” достигается, но если по-честному не получится, переопределите “build”. По памяти ничего подробно не скажу, а код distutils и setuptools вы и сами сможете посмотреть.
Мне неоднократно приходилось, либо переопределять существующие команды (build, test и т.п.), либо создавать свои (doc, bootstrap и т.п.). Никаких особых препятствий для достижения цели в этой работе я не припомню.
Кто-то может посоветовать использовать “paver”, но только не я. Конечно, если вам не нужно переопределить большинство существующих и создать ещё 100500 команд.

..bw

Спасибо, попробую