import os
import shutil
PathToFirstFolder = r'C:\pyt' # Указываем путь к первой директории
PathToSecondFolder = r'D:\pyt' # Указывем путь к второй директории
FilesOnFirstFolder = [] # Список файлов в первой директории
FilesOnSecondFolder = [] # Список файлов во второй директории
ResultFilesOnFirstFolder = [] # Уникальные файлы в первой директории
ResultFilesOnSecondFolder= [] # Уникальные файлы во второй директории
#Формируем список файлов в первой директории
#Проверяем существование директорий:
#первой директории
if os.path.exists(PathToFirstFolder) == False: 
	print ("Путь к директории",PathToFirstFolder,"не найден, проверте правильность пути")
#второй директории
elif os.path.exists(PathToSecondFolder) == False: 
        print ("Путь к директории",PathToSecondFolder,"не найден, проверте правильность пути")
#Если директории существуют, то формируем списки файлов:
else:
	#Сканируем содержимое первой директории, включая поддиректории
	for root, dirs, files in os.walk(PathToFirstFolder): 
		for name in files:
			#Добавляем в список относительные пути к файлам первой директории
			FilesOnFirstFolder.append(os.path.join(root, name)[len(PathToFirstFolder):]) 
	#Дублируем записи из списка файлов первой директории в список ункиальных файлов первой директории
	ResultFilesOnFirstFolder = FilesOnFirstFolder 
	#Сканируем содержимое второй директории, включая поддиректории
	for root, dirs, files in os.walk(PathToSecondFolder):
		for name in files:
			#Добавляем в список относительные пути к файлам второй директории
			FilesOnSecondFolder.append(os.path.join(root, name)[len(PathToSecondFolder):]) 
	#Дублируем записи из списка файлов второй директории в список уникальных файлов второй директории
	ResultFilesOnSecondFolder = FilesOnSecondFolder 
	#Удаляем записи из списка уникальных файлов первой директории, которые есть в списке файлов второй директории
	#Проходим по списку файлов второй директории
	for i in FilesOnSecondFolder:
		#Если такая запись есть в списке уникальных файлов первой директории, то
		if i in ResultFilesOnFirstFolder: 
				#Удаляем её из списка уникальных файлов первой директории
				ResultFilesOnFirstFolder.remove(i) 
	#Удаляем записи из списка уникальных файлов второй директории, которые есть в списке файлов первой директории
	#Проходим по списку файлов первой директории
	for i in FilesOnFirstFolder: 
		#Если такая запись есть в списке уникальных файлов второй директории, то
		if i in ResultFilesOnSecondFolder: 
				#Удаляем её из списка уникальных файлов второй директории
				ResultFilesOnSecondFolder.remove(i) 
	#Выводим на экран список уникальных файлов в первой директории
	print ()
	print ('###############################################')
	print ('Список недостающих файлов в '+PathToSecondFolder+':')
	print ()
	#Проходим по списку уникальных файлов первой директории
	for i in ResultFilesOnFirstFolder:
			print(PathToFirstFolder+i)
			print(PathToFirstFolder+i)
			#и копируем их во вторую директорию
			shutil.copy2(PathToFirstFolder+i,PathToSecondFolder+i)

C:\pyt\
|---folder1
|   `---folder11
|       `---text111.txt
`---folder2
    `---folder21
        `---text211.txt

D:\pyt\
`---folder1
    `---folder11

import subprocess as sp
import os
class newcwd:
    def __init__(self, nwd=None):
        self.oldcwd = os.getcwd()
        self.newcwd = nwd
    def __enter__(self):
        if self.newcwd:
            os.chdir(self.newcwd)
        return self.newcwd
    def __exit__(self, exc_type, exc_value, traceback):
        os.chdir(self.oldcwd)
def idir(dr1,dr2):
    with newcwd(dr1):
        sp.check_call("git init")
        sp.check_call("git add .")
        sp.check_call("git commit -m 'v1'")
        sp.check_call("git remote add origin " + dr2)
def pl(dr1):
    with newcwd(dr1):
        sp.check_call("git pull origin master")
d1=os.path.abspath("d1")
d2=os.path.abspath("d2")
idir(d1,d2)
idir(d2,d1)
pl(d1)
pl(d2)

#Проходим по списку уникальных файлов первой директории
for i in ResultFilesOnFirstFolder:
	print(PathToFirstFolder+i)
	print(PathToFirstFolder+i)
	#и копируем их во вторую директорию
	shutil.copy2(PathToFirstFolder+i,PathToSecondFolder+i)

	
#Проходим по списку уникальных файлов первой директории
for i in ResultFilesOnFirstFolder:
	path = os.path.realpath(PathToSecondFolder+i)
	dir = os.path.split(path)[-2]
	if not os.path.exists(dir):
		os.makedirs(dir)
	#и копируем их во вторую директорию
	shutil.copy2(PathToFirstFolder+i,path)