data2 = [one for one in data[:, 1] if one > 0]

data = [(1, 2), (-1, 5), (3, 12), (-5, 10)]
data_clear = [one_line for one_line in data if one_line[0] > 0]

def denoise(rows):
    for i in rows: 
        if i[1] < 0:
         del i
    return rows

def denoise(rows):
    for i in rows: # прохожусь по списку и присваиваю последовательно значения из rows переменной i
        if i[1] < 0:
         del i  # удаляю i (это никак не скажется на rows !!!)
    return rows