Я так понял, что создание setup.py c distutils это только для модулей.
Мне же нужна установка в качестве программы с прописыванием путей, иконок и пр. Как наиболее грамотно это делается?

kampella
это только для модулей.

Не только, можно поставить скрипты и вообще левые файлы. Пробовали правда ставить произвольные файлы с использованием whl получается не очень удобно. Системные менеджеры пакетов делают это лучше и проще.

kampella
с прописыванием путей

Прописываете в установщике вызов своего python скрипта (типа postinstall) и в нем курочите систему бедного пользователя. Желательно кстати использовать pip и при uninstall вернуть все назад.
http://stackoverflow.com/questions/17806485/execute-a-python-script-post-install-using-distutils-setuptools

kampella
иконок и п

Если это иконки вашей программы, то их лучше описывать как package_data.
Дополнительные ресурсы можно поставить прописав data_files.
см. Installing Additional Files¶
https://docs.python.org/2/distutils/setupscript.html

А приемлимо ли добавлять какой-либо код в setup.py, например функции?
Нужно вычислить путь до директории для файлов в data_files и я думаю либо тамже это делать, либо отдельным скриптом из опции ‘scripts=’ все это делать, а data_files убрать.

kampella
либо отдельным скриптом из опции ‘scripts=

Насколько понимаю это скрипты которые будут устанавливаться в целевую систему а не те которые будут выполняться при установке.

kampella
А приемлимо ли добавлять какой-либо код в setup.py

Посмотрите примеры setup.py. Допустимо, но почти никогда не нужно.