logging.basicConfig() вызывается первый раз и вся конфигурация запомнилась, если второй раз вызываешь, то ничего не меняется.
Пример:
Python 2.7.6 (default, Jun 22 2015, 17:58:13)
[GCC 4.8.2] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import logging
>>> logging.basicConfig(format='%(levelname)s:%(message)s', level=logging.DEBUG)
>>> logging.debug('This message should appear on the console')
DEBUG:This message should appear on the console
>>> logging.info('So should this')
INFO:So should this
>>> logging.warning('And this, too')
WARNING:And this, too
>>> logging.basicConfig(format='%(levelname)s:%(message)s', level=logging.INFO)
>>> logging.debug('This message should appear on the console')
DEBUG:This message should appear on the console
>>>