поверьте, перезаписывать файл источник данных очень плохая идея. Сегодя вы удалите элементы первого файла, которые есть во втором, а завтра ваш коллега будет писать скрипт который считает сколько есть элементов в первом файле которе есть и во стором. И будет удивляться почему сегодя оно работало, а завтра уже не выдает результатов.

а я и не перезаписываю, создаю новый с другим немного именем

Ой извините, не заметил плючик.