doza_and
чтобы не плодить на машине по версии питона и сопутствующих библиотек на каждое приложение

Есть тонкость: некоторые приложения и библиотеки зависимы от библиотек строго заданных версий.

Shaman
от библиотек строго заданных версий

И? Не очень понятно о чем вы пишете. Если о системных библиотеках, то это очевидно отслеживается менеджером пакетов данной ОС. Конечно если таковой присутствует и используется. Если о питоне, контроль версий пакетов также базовый функционал pip. Проблема может возникнуть в системе если один пакет явно требует присутствия именно данной версии. а другой требует ее отсутствия. Тут начинают работать всякие менеджеры конфигурации, виртуальные окружения и виртуальные машины :).
У нас обычно стоит несколько сотен пакетов, за все время эксплуатации питона не встречал никаких конфликтов версий пакетов. Обновление до последней версии всегда решало проблемы если они были.

doza_and
за все время эксплуатации питона не встречал никаких конфликтов версий пакетов

Попробуйте Theano запустить с последним scipy, numpy.

doza_and
Не очень понятно о чем вы пишете.

Я писал о зависимости фактической возможности нормального функционирования перечисленных компонентов от версий их requirements. Не всегда разработчики обеспечивают обратную совместимость своих детищ и догадываются при этом дать им новое имя, а иногда просто временно её ломают. В конечном итоге, при обновлении всего до максимальных версий вылазят сюрпризы.

noob_saibot
Попробуйте Theano запустить

Да я не писал что этого не бывает, писал что это редкость в моей практике. Сейчас припомнил, Года 1.5 назад надо было zodb обновить, последняя версия оказалась битой (это правда не конфликт, а недостаточно проверенная последняя версия). Ну бывает. Проблем вычислить и поправить не составило.