carter85можно демона написать, пусть слушает на unix-сокете или loopback-интерфейсе, принимает от вебприложения задания и выполняет их. Тогда задержки не будет.
2) по крону тоже не то
PS: Таки py.user.next прав, sudo достаточно, решение с разными приложениями нисколько не безопаснее. Единственное, на долгих операциях, сервер ответит сразу.