В малюсеньких прогах я логи веду вручную: открываю файл, записываю сообщения, а в конце закрываю
Случайно узнал оказывается тоже самое можно делать через импорт модуля.. потом остается только выводить сообщения
Какой способ предпочтительней? с импортом выглядит чище и проще. но не становится ли при этом программа тяжоловесней?

используйте стандартный модуль logging

Логи чаще всего настраиваются отдельно или в main.py. Поэтому тяжеловеснее она не становится. Мало того, система логгирования питона использует немного другой принцип, в отличии от “открыл файл, записал и закрыл”. Она предполагает как различные уровни ошибок так и различные подключаемые хендлеры (конфигураторы конкретного типа лога).

newpy
но не становится ли при этом программа тяжоловесней?

Становится, чуть чуть. Но при этом вы в по желанию можете включать отключать логгирование перенаправлять результат, не беспокоитесь о многопоточности, получаете стандартиированный декорированный вывод данных и многое другое.