, ну это все особенности tkinter, там должно всегда быть главное(корневое, root) окно, если у вас его нет, tkinter заботливо его создаст для вас(что собственно мы и видим на вашем скриншоте).
поэтому если вы всеже хотите использовать ткинтеровский диалог, вам нужно самому создать главное окно, а пото мего спрятать, както так:
import sys
import pygame
from tkinter import messagebox as mb
from tkinter import Tk
# Инициализация экрана и создание игры.
def rungame():
pygame.init()
screen_game = pygame.display.set_mode((800, 600))
pygame.display.set_caption("Panic at the pizzeria")
# Подтверждение выхода.
def check_quit():
root = Tk() # Создаем главное окно
root.withdraw() # скрываем его
answer = mb.askyesno(title="Panic at the pizzeria",
message="Вы хотите выйти из игры?")
if answer == True:
pygame.quit()
sys.exit()
while True:
for event in pygame.event.get():
if event.type == pygame.QUIT:
check_quit()
rungame()