with open("Test.txt") as f:
    for line in f:
        x = molotok.y_from_q(line)

 Evgenijs-MacBook-Pro:gtest makhmudovevgeniy$ cat Test.txt
hello
world
!
Evgenijs-MacBook-Pro:gtest makhmudovevgeniy$ python3
Python 3.6.3 (default, Oct  4 2017, 06:09:38)
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 9.0.0 (clang-900.0.37)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> with open('Test.txt') as f:
...     for line in f:
...         print(line)
...
hello
world
!

 with open('Test.txt') as f:
    ... # действия с файлом f
... # блок закончился, файл f автоматически закрыт

 def molotok_from_q(data):
    # обрабатывем строку
    return data.upper()
with open('test.txt','r') as finp:
    for data in finp.readlines() # цикл по строкам файла
        x = molotok_from_q(data) # вызов функции с полученной строкой
        print(x)

 def y_from_q(data):
    return data.upper().strip()

 import molotok
with open('test.txt','r') as finp:
    for data in finp.readlines(): # цикл по строкам файла
        x = molotok.y_from_q(data) # вызов функции с полученной строкой
        print(x)