Все оказалось намного проще.
При использовании pop удаление на лету проблем не составляет.

>>> a =
>>> for i in a:
… a.pop(3)
… print a
…
4

5

6

7

8

>>>

Ferroman
а откуда такая уверенность? я когда просто удалял - напрямую, тоже было все нормально, пока не пошли большие листы.

Нету уверенности. Лично я бы так не делал, хотя все експеременты прошли удачно.
pop - штатная процедура для списков, и, видимо, меняет индекс размера списка корректнее чем del, поэтому цикл работатет нормально. Но, это всего лишь гипотеза.